Mitochondrial iron chelation ameliorates cigarette smoke–induced bronchitis and emphysema in mice

慢性阻塞性肺部疾病(Chronic obstructive pulmonary disease, COPD)是一种复杂,削弱肺部功能的疾病,主要临床和病理表现包括从气道炎症(慢性支气管炎),肺组织破坏(肺气肿)小气道重塑等(1,2)。COPD的发病机制至今仍然不明确,但是它涉及到肺部对香烟烟雾(cigarette smoke, CS)的异常炎症和细胞反应失调(1)。目前研究表明吸烟和遗传是COPD最大的危险因素(3)。本文作者之前通过对人类全基因组进行全基因组关联分析(genome-wide association studies, GWAS)确定IRP2(也称为IREB2)是COPD的主要候选基因(4-6),此后作者证明IRP2蛋白在COPD患者的肺部含量增加(4)。已有的研究表明IRP2基因位于人类15q25染色体上,该染色体上还包括编码烟碱乙酰胆碱受体的几个部件的基因。此外 GWAS分析表明15q25还与肺癌,外周动脉疾病和尼古丁成瘾相关(7-10)。铁调节蛋白(The iron-regulatory proteins, IRPs)IRP1和IRP2尤其是IRP2负责调节哺乳动物体内细胞铁离子的平衡(11)。IRPs在十二指肠,脊髓和中枢神经扮演非常重要的生理角色,同时IRPs也可能是肺动脉高压和神经性病变等疾病发病原因(12-15)。在细胞内铁耗尽的情况下,IRPs通过与位于mRNA上铁体内平衡基因的铁反应元件(iron-response elements, IREs)结合,导致其翻译被抑制从而降低铁的储存并同时增加铁摄取(12,15)。但是IRP2在肺部的生理功能以及IRP2的mRNA转录还不是很清楚,同时IRP2在肺部暴露在香烟烟雾中COPD发病的响应机制也不是很明确。因此,作者试图通过将COPD实验中小鼠模型和人COPD数据整合,阐述由香烟烟雾引起的COPD中IRP2的功能。

Systems genetics identifies a convergent gene network for cognition and neurodevelopmental disease

1.通过共表达调控网络的构建,建立了脑组织基因表达的module;
2. 采用多套脑组织相关的数据,其数据类型包括芯片、转录组、GWAS、外显子组,通过多套数据的组合分析,鉴定了2类基因modules(共1298个基因)与脑部认知疾病关联;
3. 同时对这1298个基因在不同脑部组织及脑部不同发育时期的基因表达模式也进行了分析;
4. 为GWAS和外显子数据的整合分析提供了很好的思路;

Discovery, Annotation, and Functional Analysis of Long Noncoding RNAs Controlling Cell-Cycle Gene Expression and Proliferation in Breast Cancer Cells

1. LncRNA 长度大于200nt的非编码RNA,具有高度细胞特异性,新LncRNA有待发现及研究
2.二代测序技术给LncRNAs的鉴定与注释带来了极大的便利
3.研究表明LncRNA与疾病具有密切关系(细胞核及胞浆LncRNA具有不同的功能)
4.多种癌症的发生于特定的LncRNA密切相关(prostate cancers: the lncRNAs SChLAP1,PCAT-1, PCGEM1, and PRNCR1; breast cancers : BCAR4)
5.乳腺癌发生过程中LncRNA的分子机制暂不清楚

Systematic identification of factors for provirus silencing in embryonic stem cells

1. 原病毒(provirus),是存在于宿主染色体内的,潜在的病毒染色体组,可以从一代宿主细胞转移到另一代细胞中而不使宿主破裂。
2.前人的研究显示provirus在胚胎干细胞中的表达是受到抑制的,但具体的机制尚不清楚。
3.siRNA screen ,RNA-seq、chip-seq等成熟技术为系统性鉴定细胞调控因子提供了方便。

The primate-specific noncoding RNA HPAT5 regulates pluripotency during human preimplantation development and nuclear reprogramming

1. LncRNA 长度大于200nt的非编码RNA,Long intergenic noncoding RNAs (lincRNAs)是其中的一种。
2.二代测序技术给LncRNAs的鉴定与注释带来了极大的便利。
3.研究表明在人类的转录组中存在10000多种lincRNAs,其中2/3起源于转座子。
4.HPATs 属于lincRNAs,总共有23个成员,在胚囊的发育中有较高的表达量,但它们的功能的和作用机制都不清楚。