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环状RNA测序(CircRNA-seq)

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技术简介

简介

环形RNA是mRNA在剪接的过程中,上游exon的5’端与下游exon的3’端剪接到一起,从而形成的首尾相接的环状RNA分子。早在1993年,性别决定基因SRY的mRNA就被发现可以形成环状RNA,且在睾丸中具有很高的丰度。近来的研究表明,高等动物中环状RNA的种类和含量远远超过预 期。但是对于这些circular RNA的功能,目前还知之甚少。最近的研究发现circular RNA可以作为“microRNA海绵”,竞争结合microRNA从而解除这些microRNA对其他靶标的调控;同时保守型分析发现环状RNA上潜在具有多种RNA结合蛋白的结合位点,暗示circular RNA可以调控RNA结合蛋白的功能。更为重要的是,circular RNA的表达呈现出很强的组织特异性,暗示这些circular RNA具有重要的生物学功能。

但目前对circular RNA的研究刚刚起步,这类RNA的生物学功能还有待挖掘,因此是一个值得深入的研究方向。

服务内容

1.Circular-RNA建库流程

2.Circular-RNA分析流程

3.Circular-RNA分析结果展示

文章导读

The biogenesis and emerging roles of circular RNAs

The biogenesis and emerging roles of circular RNAs

2018年3月22日

CircRNA是一类环状的RNA分子,在植物、动物等真核生物中广泛存在,circRNA表达与包括疾病在内的多种生理过程密切相关,circRNA的产生机制及其功能逐渐成为研究热点。本次和大家分享非编码RNA领域杰出科学家,中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所研究员陈玲玲于2016年2月发表在NATURE REVIEWS MOLECULAR CELL BIOLOGY的综述论文,跟着大牛一起快速了解circRNA领域的研究进展、存在的问题、未来的研究方向。

Detecting circular RNAs: bioinformatic and experimental challenges

Detecting circular RNAs: bioinformatic and experimental challenges

2018年3月22日

本文从生物信息分析和实验角度对circular RNA检出进行综述。 研究思路:1.讨论目前在实验和生物信息分析上可能导致的circular RNA错误检出;2.比较目前circular RNA检出软件的特点和不足;3.提出测试circular RNA检测是否准确的方法。 文章亮点:1.阐述了检测circular RNA时实验可能造成的误差;2.阐述了生物信息分析方法对circular RNA检测的影响,并且从多个角度比较了部分目前检测circular RNA的软件。3.提出测试circular RNA检测是否准确的方法。

Tracing the expression of circular RNAs in human pre-implantation embryos

Tracing the expression of circular RNAs in human pre-implantation embryos

2016年7月4日

成功开发了SUPeR-seq技术,并第一次对在人源植入前胚胎发育过程中所表达circRNA进行了全面的探究,为后续的相关研究提供了一个非常有价值的数据库。

Discovery, Annotation, and Functional Analysis of Long Noncoding RNAs Controlling Cell-Cycle Gene Expression and Proliferation in Breast Cancer Cells

Discovery, Annotation, and Functional Analysis of Long Noncoding RNAs Controlling Cell-Cycle Gene Expression and Proliferation in Breast Cancer Cells

2016年3月7日

1. LncRNA 长度大于200nt的非编码RNA,具有高度细胞特异性,新LncRNA有待发现及研究 2.二代测序技术给LncRNAs的鉴定与注释带来了极大的便利 3.研究表明LncRNA与疾病具有密切关系(细胞核及胞浆LncRNA具有不同的功能) 4.多种癌症的发生于特定的LncRNA密切相关(prostate cancers: the lncRNAs SChLAP1,PCAT-1, PCGEM1, and PRNCR1; breast cancers : BCAR4) 5.乳腺癌发生过程中LncRNA的分子机制暂不清楚

Neural circular RNAs are derived from synaptic genes and regulated by development and plasticity.

Neural circular RNAs are derived from synaptic genes and regulated by development and plasticity.

2015年11月13日

来自德国马克斯-德尔布吕克分子医学研究中心的Schuman和陈炜的研究团队,对小鼠的不同组织进行RNA深度测序,发现circRNA在小鼠大脑中高度表达而且有很大一部分来自编码突触蛋白的基因。研究显示,许多circRNA的丰度在突触形成时突然改变,说明circRNA可能在发育过程中调控突触的功能。

Circular RNAs in the Mammalian Brain Are Highly Abundant, Conserved, and Dynamically Expressed.

Circular RNAs in the Mammalian Brain Are Highly Abundant, Conserved, and Dynamically Expressed.

2015年11月13日

来自德国马克斯-德尔布吕克分子医学研究中心的Rajewsky及其同事,为我们提供了一个人脑circRNA的详细图谱,环状RNAs在哺乳动物脑中格外富集、序列保守且动态表达。 环状RNAs(circular RNAs,circRNAs)是一类内源性动物RNAs。研究人员对来自不同脑区、原代神经元、孤立突触以及神经元分化期间的RNA进行了序列测定和计算机分析。在人和小鼠中分别检测到65,731和15,849个候选circRNA。circRNAs在神经元分化中是总体表达升高的,在突触中高度富集,并且与它们的mRNA isoforms相比,通常是差异表达的。circRNA表达与RNA编辑酶ADAR1的表达负相关。ADAR1沉默可诱导circRNA表达升高。

Circular RNAs are a large class of animal RNAs with regulatory potency.

Circular RNAs are a large class of animal RNAs with regulatory potency.

2014年9月4日

circular RNA是mRNA剪接的特殊产物,是一类具有潜在重要调控功能的RNA。但到目前为止,人体内究竟有多少种circular RNA,这些circular RNA究竟有什么生物学功能,还是一个有待研究的问题。最近,Nature杂志发表了一篇题为“Circular RNAs are a large class of animal RNAs with regulatory potency”的文章,对任何小鼠体内的circular RNA进行了系统鉴定,并对其可能的生物学功能进行了研究。

 菊子曰:在烦恼为博客搬家么?
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武汉生命之美科技有限公司成立于2010年7月,是一家专注于将高通量测序技术(NGS)转化为科学发现和产业应用的生物高科技企业。生命之美使用新一代测序技术和RNA-蛋白质互作的科学技术优势,短短数年时间,就成长为一个拥有强大实验室和科研实力的合作平台。生命之美不但已经与各高校、研究所的实验室一起合作science,也启动了与普通大众一起science的模式,希望以健康产品服务每一名个体。生命之美为爱和梦想而来,它期待着与中国、一带一路各国乃至全球的伙伴们一起做一个前所未有的科学梦:用科学祝福全球!

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  • 热烈祝贺生命之美CEO张翼博士荣获省级荣誉
    2020年10月26日
  • 生命之美与华农赵凌课题组合作文章发表于Genome Biology
    2020年9月17日
  • 生命之美与上交大团队合作文章发表于PLoS Pathogens
    2020年9月17日
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