转录组分析揭示了在黄萎病菌中选择性剪接调控的复杂性

miR-122是一个肝脏组织特异表达的miRNA,长度在21-22 nt。miR-122通过和Ago蛋白的结合,会进一步结合到靶标基因的3’UTR上面,从而造成基因的转录后调控,会造成数百个基因的表达抑制。miR-122在肝脏中的功能研究已经比较多,尤其是在肝癌发生过程中的研究。miR-122的敲除并不会太大影响肝脏的发育和功能,但会造成年轻人的肝脏炎症反应以及脂肪肝,在年老人群中,会进一步引起肝癌。在肝癌病人中,前人也发现了miR-122的低表达。综合上述结果,miR-122被认为是一个抑癌因子,而且可以进一步作为肝癌治疗的一种药物靶点。但是到目前为止,miR-122在肝脏中的调控网络,以及作用的靶基因之间的关系还不是很完善。

Argonaute CLIP Defines a Deregulated miR-122-Bound Transcriptome that Correlates with Patient Survival in Human Liver Cancer

miR-122是一个肝脏组织特异表达的miRNA,长度在21-22 nt。miR-122通过和Ago蛋白的结合,会进一步结合到靶标基因的3’UTR上面,从而造成基因的转录后调控,会造成数百个基因的表达抑制。miR-122在肝脏中的功能研究已经比较多,尤其是在肝癌发生过程中的研究。miR-122的敲除并不会太大影响肝脏的发育和功能,但会造成年轻人的肝脏炎症反应以及脂肪肝,在年老人群中,会进一步引起肝癌。在肝癌病人中,前人也发现了miR-122的低表达。综合上述结果,miR-122被认为是一个抑癌因子,而且可以进一步作为肝癌治疗的一种药物靶点。但是到目前为止,miR-122在肝脏中的调控网络,以及作用的靶基因之间的关系还不是很完善。

RBFox2 Binds Nascent RNA to Globally Regulate Polycomb Complex 2 Targeting in Mammalian Genomes

PRC2能够通过EZH2甲基转移酶活性,修饰H3K27三甲基化抑制基因的转录表达。近些年来,表观调控研究领域的热点在于探索何种媒介介导了PRC2复合体结合至靶标染色质,从而行使表观调控的功能。其中,LncRNA介导的PRC2在染色质上的结合和基因表达调控机制已经非常清楚,例如RepA、Hotair等,但是除了LncRNA外,是否存在其它的调控因子还未解答。2012年NSMB发表文章报道Intronic RNA能够介导PRC2的顺式调控能力;2013年,同样也是NSMB发表文章表明PRC2复合体不仅能够结合LncRNA,还能与各式各样的RNA相互作用,包括成熟的mRNA;同年,NSMB文章揭示了PRC2能够结合至新生RNA,鉴于新生RNA与染色质的空间距离较近,这些线索提示新生RNA可能介导PRC2复合体对染色质的结合和调控

SRSF1-Regulated Alternative Splicing in Breast Cancer

1. 可变剪接在基因表达过程中起着关键作用,最近研究表明,癌基因及肿瘤抑制因子剪接调控的紊乱与恶性肿瘤的形成关系密切。
2.SRSF1是一个典型的剪接相关蛋白,该基因被发现在人乳腺癌中呈现过度表达。同时,过表达SFSR1能够促进乳腺细胞的转化,而这一进程可能与其剪接因子的功能特性相关。
3.目前对于SRSF1对RNA的结合特性以及其调控规律还不太清楚。
4.一些研究报道表明,在果蝇和小鼠中SRSF1能够调控一系列基因的选择性剪接,但是这种剪接作用与人类疾病的相关性仍不明确。

Genomic Analysis of ADAR1 Binding and its Involvement in Multiple RNA Processing Pathways

交联免疫沉淀结合高通量测序技术Cross-Linking Immunoprecipitation method followed by high-throughput sequencing (CLIP-Seq)被运用于全基因组水平揭示ADAR1靶序列的结合特点。结果表明,ADAR1在U87MG细胞中能够结合的靶序列总数为23782,其中分布在约10000个蛋白编码基因中。作者分析了靶序列的分布规律,其中大部分为Alu重复序列,第一次从全基因组水平确认了ADAR1对Alu的选择偏好性。同时,发现了15%的结合位点位于非Alu区域,进一步研究表明ADAR1结合至非Alu区域能够调控3′ UTR 的选择性使用以及pri-miRNA的生成。

MicroRNA directly enhances mitochondrial translation during muscle differentiation.

7月31日,国际著名期刊Cell报道了关于肌肉细胞分化过程中miRNA对线粒体中蛋白翻译系统调控的最新研究成果,我公司首席科学家张翼博士参与了该项目的指导研究。

MicroRNA (miRNA)是一类长度约为22个核苷酸的非编码单链RNA分子,通常情况下,它能与胞质中的mRNA的特定位点结合,导致mRNA的降解或抑制蛋白质的合成,但在特定细胞环境中,如血浆饥饿细胞,miRNA也能促进基因转录与表达。