跳转至内容
武汉生命之美科技有限公司
ABLIFE translate sequences to science and application
武汉生命之美科技有限公司武汉生命之美科技有限公司
  • 首页
  • 科技服务
    • 测序平台介绍
      • Hiseq3000/4000
      • HiSeq 2000 / 2500
      • NextSeq500
      • PacBio RS
    • 功能基因组平台
      • 转录组测序(RNA-seq)
      • 小RNA测序(miRNA-seq)
      • 加帽端测序(CAGE-seq)
      • 多聚腺苷化位点测序(PAS-seq)
      • 多聚腺苷化长度测序(Poly(A)-seq)
      • 环状RNA测序(CircRNA-seq)
      • 6-甲基腺嘌呤RNA测序(MeRIP-seq )
      • 宏转录组(Metatranscriptome)
      • CRISPR/Cas9
    • RNA-蛋白质互作组平台
      • RNA结合蛋白免疫沉淀结合高通量测序(RIP-seq)
      • 紫外交联免疫沉淀结合高通量测序(CLIP-seq)
      • RAP
      • ChIRP
      • mRNA Interactome Capture
    • 表观遗传学平台
      • 染色质免疫共沉淀结合高通量测序(ChIP-seq)
      • 亚硫酸盐测序(BS-seq)
    • 基因组平台
      • 基因组重测序(Genome Resequencing)
      • 宏基因组测序(Metagenomic Sequencing)
      • 基因组从头测序(De novo Genome Sequencing)
      • 外显子组测序(Exome Sequencing)
  • RBP数据包产品
    • RBP沉默数据包
    • RBP过表达数据包
    • RBP质粒产品
      • shRNA质粒
      • 过表达质粒
    • RBP基因数据包产品列表
  • 单细胞产品
    • 技术简介
    • 服务内容
    • 文章案例
  • 行业前沿
    • 抗击新冠病毒
  • 关于我们
    • 公司简介
    • 专家团队
    • 公司动态
    • ABLife支持文章
    • 加入我们
    • 联系我们
 
  • 首页
  • 科技服务
    • 测序平台介绍
      • Hiseq3000/4000
      • HiSeq 2000 / 2500
      • NextSeq500
      • PacBio RS
    • 功能基因组平台
      • 转录组测序(RNA-seq)
      • 小RNA测序(miRNA-seq)
      • 加帽端测序(CAGE-seq)
      • 多聚腺苷化位点测序(PAS-seq)
      • 多聚腺苷化长度测序(Poly(A)-seq)
      • 环状RNA测序(CircRNA-seq)
      • 6-甲基腺嘌呤RNA测序(MeRIP-seq )
      • 宏转录组(Metatranscriptome)
      • CRISPR/Cas9
    • RNA-蛋白质互作组平台
      • RNA结合蛋白免疫沉淀结合高通量测序(RIP-seq)
      • 紫外交联免疫沉淀结合高通量测序(CLIP-seq)
      • RAP
      • ChIRP
      • mRNA Interactome Capture
    • 表观遗传学平台
      • 染色质免疫共沉淀结合高通量测序(ChIP-seq)
      • 亚硫酸盐测序(BS-seq)
    • 基因组平台
      • 基因组重测序(Genome Resequencing)
      • 宏基因组测序(Metagenomic Sequencing)
      • 基因组从头测序(De novo Genome Sequencing)
      • 外显子组测序(Exome Sequencing)
  • RBP数据包产品
    • RBP沉默数据包
    • RBP过表达数据包
    • RBP质粒产品
      • shRNA质粒
      • 过表达质粒
    • RBP基因数据包产品列表
  • 单细胞产品
    • 技术简介
    • 服务内容
    • 文章案例
  • 行业前沿
    • 抗击新冠病毒
  • 关于我们
    • 公司简介
    • 专家团队
    • 公司动态
    • ABLife支持文章
    • 加入我们
    • 联系我们

6-甲基腺嘌呤RNA测序(MeRIP-seq )

  • 技术简介
  • 服务内容
  • 文章导读

技术简介

简介

与表观遗传的DNA和组蛋白修饰一样,RNA也受到各种修饰,其中mRNA和lncRNA最主要的修饰是腺苷酸N6位的甲基化修饰(m6A)。m6A的修饰在真核生物中非常保守,从酵母、植物到高等动物中都广泛存在。在哺乳动物中,N6位被甲基化修饰的腺苷酸占细胞内所有mRNA腺苷酸的0.1-0.4%左右。虽然m6A修饰早在上世纪70年代就已经被发现,但对该修饰在转录组中的分布以及修饰对基因表达调控的影响一直缺乏了解。直到2012年,meRIP-seq实验方法的建立使得我们有机会对该修饰的分布、功能进行深入研究。

目前的meRIP-seq结果显示,m6A修饰在人转录组中广泛存在,超过7000个mRNA和300个lncRNA都含有这种修饰;这种修饰富集分布在mRNA的终止密码子附近和3’UTR区域,暗示m6A修饰具有重要的调控功能。很多m6A修饰位点在人和小鼠中保守存在,且某些m6A修饰在不同发育时期,其修饰水平也在不断变化,同样暗示其重要的调控功能。

目前m6A已知的最主要功能是调控mRNA的稳定性:胞质内经过m6A修饰的mRNA可以被YTHDF2识别,使其富集到P-body从而加速mRNA的降解。此外,m6A修饰还可以改变RNA的二级结构、调控microRNA的靶标识别来调控mRNA的稳定性。在核内,m6A修饰可以调控RNA的剪接、出核过程,从而调控基因表达。

目前对m6A的全基因组研究方法为meRIP-seq的方法,其原理为通过特异识别m6A修饰的抗体,对细胞内具有m6A修饰的RNA片段进行免疫共沉淀。通过对沉淀下来的RNA片段进行高通量测序,进而结合生物信息学分析,即可全基因组范围内对m6A修饰的状况进行系统研究。

服务内容

1.meRIP建库流程

2.meRIP分析流程

3.meRIP分析结果展示

fig1. m6A结合峰分析

fig2.  m6A结合序列的motif分析

文章导读

N6-methyladenosine-dependent RNA structural switches regulate RNA–protein interactions.

N6-methyladenosine-dependent RNA structural switches regulate RNA–protein interactions.

2015年11月13日

RNA结合蛋白通过与单链RNA结合基序(RBM)的结合来控制多种细胞生物学进程,而RBM常被包埋在RNA的结构内部(单链RNA能将自身折叠成各种各样的复杂结构),从而抑制了RNA与蛋白的互作。腺嘌呤第6位氮原子的甲基化(m6A)是一种真核mRNA常见的内部修饰,m6A能被YTHDF2(YTH域家族蛋白2)识别进而影响细胞质mRNA的稳定性。

N6-methyladenosine-dependent regulation of messenger RNA stability.

N6-methyladenosine-dependent regulation of messenger RNA stability.

2014年9月16日

腺苷酸N6位甲基化是高等真核生物最普遍的RNA修饰,虽然该修饰被发现与细胞的形态和发育相关,但其具体的调控方式却一直未被报道。2014年1月,Wang等人在Nature杂志上以letter的形式,首次报道了m6A调控基因表达的方式。该研究发现 m6A修饰的RNA可以被YTHDF2蛋白特异识别,被该蛋白结合会导致mRNA转运到p-body,从而导致mRNA的降解。因此m6A修饰可以调控mRNA的翻译和稳定性,在该修饰被发现近40年后,首次从机制上揭示了其调控方式。

 如何批量更新博客?就用菊子曰!
  • 测序平台介绍
    • GA
    • HiSeq 2000 / 2500
    • NextSeq500
    • PacBio RS
  • 功能基因组产品
    • 转录组测序
    • 小RNA测序
    • CAGE-seq
    • PAS-seq
    • Poly(A)-seq
    • CircRNA-seq
    • MeRIP-seq
    • Metatranscriptome
    • CRISPR/Cas9
  • RNA-蛋白质互作组产品
    • RIP-seq
    • CLIP-seq
    • ChIRP
    • RAP
    • mRNA Interactome Capture
  • 表观遗传学产品
    • BS-seq
    • ChIP-seq
  • 基因组产品
    • Genome Resequencing
    • Metagenomic Sequencing
    • De novo Genome Sequencing
    • Exome Sequencing
关于生命之美

武汉生命之美科技有限公司成立于2010年7月,是一家专注于将高通量测序技术(NGS)转化为科学发现和产业应用的生物高科技企业。生命之美使用新一代测序技术和RNA-蛋白质互作的科学技术优势,短短数年时间,就成长为一个拥有强大实验室和科研实力的合作平台。生命之美不但已经与各高校、研究所的实验室一起合作science,也启动了与普通大众一起science的模式,希望以健康产品服务每一名个体。生命之美为爱和梦想而来,它期待着与中国、一带一路各国乃至全球的伙伴们一起做一个前所未有的科学梦:用科学祝福全球!

武汉生命之美科技有限公司

公司动态
  • 热烈祝贺生命之美CEO张翼博士荣获省级荣誉
    2020年10月26日
  • 生命之美与华农赵凌课题组合作文章发表于Genome Biology
    2020年9月17日
  • 生命之美与上交大团队合作文章发表于PLoS Pathogens
    2020年9月17日
主要业务
  • 科技服务
  • RBP产品
武汉生命之美科技有限公司
© 2010-2020 武汉生命之美科技有限公司 版权所有 ICP证: 鄂ICP备14011369号-1
ABLIFE Translates Sequences to Science and Industry