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N6-methyladenosine-dependent RNA structural switches regulate RNA–protein interactions.

1.文章简介

文章题目 N6-methyladenosine-dependent RNA structural switches regulate RNA–protein interactions.
中文题目
期刊名
作者
发表时间 2014
实验材料
测序平台
相关产品 MeRIP-Seq

RNA结合蛋白通过与单链RNA结合基序(RBM)的结合来控制多种细胞生物学进程,而RBM常被包埋在RNA的结构内部(单链RNA能将自身折叠成各种各样的复杂结构),从而抑制了RNA与蛋白的互作。腺嘌呤第6位氮原子的甲基化(m6A)是一种真核mRNA常见的内部修饰,m6A能被YTHDF2(YTH域家族蛋白2)识别进而影响细胞质mRNA的稳定性。
m6A调控RNA结构依赖的RBM进而影响RNA与蛋白的互作,研究人员将这种机制命名为“m6A开关”。他们发现m6A能就近改变mRNA和lncRNA的结构,从而促进异构核糖核蛋白C(HNRNPC)与其结合,HNRNPC是一种核RNA结合蛋白,负责pre-mRNA的加工。m6A修饰定位在RNA链将自身折叠成发夹环的地方,在这一m6A位点的对面是由5个连续的尿苷构成的核苷酸序列——HNRNPC特异识别的结合位点。
来自芝加哥大学的潘涛教授,利用PAR-CLIP和MeRIP方法,共检测到39060个m6A开关,并对METTL3/L14基因沉默细胞进行HNRNPC的PAR-CLIP,并检测到2798个m6A开关HNRNPC结合能力下降,推测m6A甲基转移酶的沉默(METTL3/L14 KD)使球状的m6A减少,进而降低了HNRNPC的结合活性。
http://114.115.208.242/wp-content/uploads/2015/11/MeRIP.png

左图为PAR-CLIP和MeRIP的流程简图,右上为可信m6A开关数,右中为m6A的结合基序,右下为m6A的调控模式图

 

PAR-CLIP是为了提高紫外交联效率,利用一些核苷衍生物,如4-硫-脲嘧啶的光交联效率远高于普通核苷酸的特性,在细胞培养物种加入4-硫-脲嘧啶,使其掺入到转录产物中,然后使用365nm的紫外光引发交联反应,同传统的254nm紫外光照射天然核酸相比,PAR-CLIP可将交联效率提高100-1000倍。
MeRIP-Seq(Methylated RNA Immunoprecipitation Sequencing,甲基化RNA免疫共沉淀测序)是基于抗体富集原理进行RNA甲基化检测的高通量测序方法,采用甲基化RNA免疫共沉淀技术,通过6-甲基腺嘌呤(anti-6mA)抗体特异性富集发生甲基化的RNA,然后通过高通量测序快速有效地寻找RNA上发生6mA的位点。

原文出处:

Do R, Stitziel NO, Won HH, Jørgensen AB, Duga S, Angelica Merlini P, Kiezun A, Farrall M, Goel A, Zuk O et al. (2014) Exome sequencing identifies rare LDLR and APOA5 alleles conferring risk for myocardial infarction. Nature doi: 10.1038/nature13917.

 

菊子曰 菊子曰:最棒的博客软件!
Category: CNS-Reading2015年11月13日
标签: meRIP
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武汉生命之美科技有限公司成立于2010年7月,是一家专注于将高通量测序技术(NGS)转化为科学发现和产业应用的生物高科技企业。生命之美使用新一代测序技术和RNA-蛋白质互作的科学技术优势,短短数年时间,就成长为一个拥有强大实验室和科研实力的合作平台。生命之美不但已经与各高校、研究所的实验室一起合作science,也启动了与普通大众一起science的模式,希望以健康产品服务每一名个体。生命之美为爱和梦想而来,它期待着与中国、一带一路各国乃至全球的伙伴们一起做一个前所未有的科学梦:用科学祝福全球!

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