文章题目：Poly(A)-seq: a method for direct sequencing and analysis of the transcriptomic poly(A)-tails
发表期刊：PLOS ONE
接收时间：2020年6月2日
近日，生命之美独立完成的方法学文章“Poly(A)-seq: a method for direct sequencing and analysis of the transcriptomic poly(A)-tails ”被PLOS ONE接收发表。
该方法基于二代测序技术，较准确地在全转录组水平测定每个基因转录本的poly(A)长度。它不但可以做定性分析，更重要的是适合做定量分析；适合于研究不同生理和病理条件下poly(A)长度的整体变化，以及不同基因的poly(A)长度变化。同时它适合研究混合加尾（Mixed tailing）调控。
在该文章报道中，我们使用了人宫颈癌和结直肠癌细胞系（HeLa， HCT-116），同时使用了人胚肾细胞系HEK293T 。
在该方法之前，基于二代测序的方法有PAL-seq (Subtelny et al., Nature 2014) ，TAIL-seq (Chang et al., Molecular Cell 2014)，TED-seq (Woo et al., Cell Reports 2018)。
这三种方法中，只有TAIL-seq是通过直接测序获得poly(A)的长度和序列，但是该技术是从3’端测序，测序质量很差，无法直接使用Illumina仪器给出来的碱基，需要使用测序仪的原始荧光信号用特殊程序来进行数据处理，这样一般的实验室都无法操作。
而生命之美开发的Poly(A)-seq是基于5’端测序的原理，测序质量很好，可以直接使用Illumina仪器给出来的碱基以及我们开发的pA-finder流程来获得每个基因的poly(A)长度，以及加尾位置。我们在HiSeq X Ten and NovaSeq 6000都做了测试，结果可信度过关。
图：Poly(A)-seq实验流程
与PAL-seq (Subtelny et al., Nature 2014) 和TED-seq (Woo et al., Cell Reports 2018) 相比，Poly(A)-seq和TAIL-seq拥有一个共同的优势：可以研究在动物中广泛存在的具有调控功能的mixed tailing（混合加尾）生物学现象。
最近的研究报道，poly(A)尾巴不都是腺苷序列，还有尿苷序列，而且尿苷化会降低mRNA的稳定性，而混合加尾则倾向于提高mRNA的稳定性(Chang et al., Molecular Cell 2014; Lim et al., Science 2018)。
2018年夏天，中科院遗传所曹晓风院士团队与生命之美合作，率先使用Poly(A)-seq技术获得的数据研究了拟南芥中的混合加尾调控现象，文章于2019年发表 (Zhao et al., Genome Biology 2019)。
生命之美的Poly(A)-seq技术开发是从2014年开始，在TAIL-seq和PAL-seq技术发表之前。首先使用HeLa开发，然后应用在一个与中国农科院油料所合作的拟南芥的poly(A)加尾调控项目的研究（文章正在审稿中）。
Poly(A)-seq技术是生命之美的专利技术，2016年申请，2018年获批。历时六年开发和锤炼，我们的技术已经十分成熟。Poly(A)-seq技术与最近兴起的三代测序研究poly（A）加尾调控形成重要的互补。与现有其它测定poly(A)的相关技术相比，我们的Poly(A)-seq技术拥有直接、便捷和容易实现、成本低、通量高、可信度高、信息量丰富等不可比拟的优势。
Poly(A)尾巴的长度和混合加尾（mixed tailing）可以调控mRNA的稳定性和翻译效率，是非常重要的生物学调控机制，预计在各种生理和病理状态下均发挥重要功能。以前由于方法学局限，对这一重要的调控机制研究很少。
我们预计Poly(A)-seq技术的方便性和稳定性会带给全球许多实验室新的机遇，推动一批创新性优秀成果的产出。我们希望生命之美提供的Poly(A)-seq技术服务可以惠及全国科研院所和医院的多个研究团队，助力各团队抓住这个新的科研机遇，产生创新性研究成果，实现新的突破。
参考文献：
3、Woo YM, Kwak Y, Namkoong S, Kristjansdottir K, Lee SH, Lee JH, et al. TED-Seq Identifies the Dynamics of Poly(A) Length during ER Stress. Cell Rep. 2018;24(13):3630-41 e7. doi: 10.1016/j.celrep.2018.08.084. PubMed PMID: 30257221.
4、Lim J, Kim D, Lee YS, Ha M, Lee M, Yeo J, et al. Mixed tailing by TENT4A and TENT4B shields mRNA from rapid deadenylation. Science. 2018;361(6403):701-4. doi: 10.1126/science.aam5794.
5、Zheng D, Tian B. Sizing up the poly(A) tail: insights from deep sequencing. Trends Biochem Sci. 2014;39(6):255-7. doi: 10.1016/j.tibs.2014.04.002.
6、Zhao T, Huan Q, Sun J, Liu C, Hou X, Yu X, et al. Impact of poly(A)-tail G-content on Arabidopsis PAB binding and their role in enhancing translational efficiency. Genome Biology. 2019;20(1):189.
