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Inner workings of thrombolites: spatial gradients of metabolic activity as revealed by metatranscriptome profiling.

1.文章简介

文章题目 Inner workings of thrombolites: spatial gradients of metabolic activity as revealed by metatranscriptome profiling.
中文题目
期刊名
作者
发表时间 2015
实验材料
测序平台
相关产品 Metatransciptome

微生物岩是由微生物及其环境的代谢相互作用形成的沉积物。这些岩化微生物群落代表着地球上最古老的生态系统之一,但这些微生物群落功能的分子机制知之甚少。

The thrombolites from Highborne Cay, The Bahamas.

Relative abundance of the 20 most abundant taxa per domain based on expressed ribosomal RNAs from the total RNA extracts.

文章中,作者使用比较宏基因组学和宏转录组学分析来描述上层精灵岛和巴哈马群岛(一个积极形成微生物岩系统)的凝块石空间组织特征。在正午,基因表达随着溶栓垫的空间分布有差异,在垫上层3mm发现高丰度的转录本(编码光合作用、固氮和exopolymeric物质生成的基因)。脱硝和硫酸盐还原相关的转录本在整个深度剖面低丰度表达,暗示中午这些代谢不太活跃。巴哈马群岛凝块石与来自世界各地其他已知的微生物岩生态系统的比较宏基因组学表明,尽管它们有着许多共同的核心代谢途径,凝块石能反映它们来自遗传明显不同的类群。

Principal coordinates analysis of functional gene abundances of thrombolitic mat metatranscriptomes based on SEED subsystems (Level 1).

该研究是第一次展示了鲜活的微生物岩的宏转录组特征,并提供了新的分子角度研究这些微生物的代谢及其背后的遗传通路,研究这些通路如何影响岩化微生物垫生态系统的碳酸盐沉淀机制。

原文出处:

Mobberley, J.M., Khodadad, C.L.M., Visscher, P.T., Reid, R.P., Hagan, P., and Foster, J.S. (2015). Inner workings of thrombolites: spatial gradients of metabolic activity as revealed by metatranscriptome profiling. SCI REP-UK 5.

菊子曰 菊子曰:在烦恼为博客搬家么?
Category: CNS-Reading2015年11月16日
标签: metatranscriptome
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武汉生命之美科技有限公司成立于2010年7月,是一家专注于将高通量测序技术(NGS)转化为科学发现和产业应用的生物高科技企业。生命之美使用新一代测序技术和RNA-蛋白质互作的科学技术优势,短短数年时间,就成长为一个拥有强大实验室和科研实力的合作平台。生命之美不但已经与各高校、研究所的实验室一起合作science,也启动了与普通大众一起science的模式,希望以健康产品服务每一名个体。生命之美为爱和梦想而来,它期待着与中国、一带一路各国乃至全球的伙伴们一起做一个前所未有的科学梦:用科学祝福全球!

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