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RIP-seq analysis of eukaryotic Sm proteins identifies three major categories of Sm-containing ribonucleoproteins.

1.文章简介

文章题目 RIP-seq analysis of eukaryotic Sm proteins identifies three major categories of Sm-containing ribonucleoproteins
中文题目
期刊名 Genome Biology IF:11.313
作者
发表时间 2014
实验材料
测序平台
相关产品 RIP-seq

Sm蛋白是一类高度保守RNA结合蛋白家族,广泛存在于生物界中。Sm蛋白在真核生物中由七个亚基组成,呈环状结构,能与相关的RNAs结合形成RNP(ribonucleoprotein,核糖核蛋白)。
Lu等选取Sm环结构的不同亚基作为靶标,应用七种不同的RIP-seq,全面综合分析了果蝇和人类细胞中Sm相关联的RNAs。通过这种多靶向的RIP-seq,研究人员检测到了大部分的剪接体snRNA(小核RNA,有些snRNA因太短而没检测到),并发现了一个新的果蝇特异性snRNA(snRNA:U)。同时,他们还在果蝇和人细胞中均发现一些新的Sm蛋白相关的scaRNA(小卡哈尔体RNA,如Prp8和SHAN)及mRNA被发现。qPCR实验表明,RNA-Sm的互作呈现组织特异性。
有趣的是,mRNA并不能直接与Sm蛋白直接作用,而需要snRNP作为介导。这些和Sm蛋白相结合的mRNA呈加工成熟的状态,揭示了Sm RNPs的非剪接性功能。
http://114.115.208.242/wp-content/uploads/2014/10/rip-%E5%9B%BE%E7%89%87.jpg

 

原文出处:

Lu Z, Guan X, Schmidt CA, Matera AG (2014) RIP-seq analysis of eukaryotic Sm proteins identifies three major categories of Sm-containing ribonucleoproteins. Genome Biol 15: R7

 

菊子曰 菊子曰:很给力的博客离线发布软件!
Category: CNS-Reading2014年10月16日
标签: RIP-seq
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武汉生命之美科技有限公司成立于2010年7月,是一家专注于将高通量测序技术(NGS)转化为科学发现和产业应用的生物高科技企业。生命之美使用新一代测序技术和RNA-蛋白质互作的科学技术优势,短短数年时间,就成长为一个拥有强大实验室和科研实力的合作平台。生命之美不但已经与各高校、研究所的实验室一起合作science,也启动了与普通大众一起science的模式,希望以健康产品服务每一名个体。生命之美为爱和梦想而来,它期待着与中国、一带一路各国乃至全球的伙伴们一起做一个前所未有的科学梦:用科学祝福全球!

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