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Formation, regulation and evolution of Caenorhabditis elegans 3'UTRs.

1.文章简介

文章题目 Formation, regulation and evolution of Caenorhabditis elegans 3’UTRs
中文题目
期刊名 Nature IF:38.138
作者
发表时间 2014
实验材料
测序平台
相关产品 PAS-seq

mRNA的3’UTR区是转录后调控的主要区域,虽然线虫的基因组已被解析,同时有大量的转录组数据支持,但截至到2011年大部分线虫mRNA的准确的poly(A)位点尚无准确注释。

为了系统的对线虫的poly(A)位点进行注释,从而更好的理解线虫的3’UTR的特征及其在转录后调控中的作用模式,Bartel研究组在2011年,通过3P-seq的方法对线虫的polyA位点进行了系统鉴定。3P-seq是对PAS-seq的改进,可以部分解决PAS-seq中internal priming导致的假阳性问题。该工作在线虫中共鉴定出了24000多个3’UTR,其中有8580个UTR是本工作中首次得到鉴定,包括5852个mRNA的UTR首次被注释。在对线虫3’UTR进行统计分析后,作者发现除了经典的也是最保守的AAUAAA基序,线虫具有其他保守的poly(A)信号,并且这些信号具有很强的偏好性:远端信号倾向于使用保守的AAUAAA信号,而近端poly(A)位点的信号则更为多样,甚至缺乏poly(A)信号。在对这些不保守的poly(A)位点分析后发现,这些mRNA poly(A)位点附近碱基U的含量很高,暗示U-rich序列可以部分替代poly(A)信号的作用。

此外,作者发现线虫3’UTR的A/U含量与其长度呈现很好的负相关性:越短的3’UTR,其A/U含量越高。同时,线虫的3’ UTR平均长度只有哺乳动物的1/6,但miRNA在这些UTR上靶标的密度却是哺乳动物的2倍。这暗示3’UTR在进化上承受很强的筛选压力,另一方面也证明3’UTR是microRNA调控的主要区域。
http://114.115.208.242/wp-content/uploads/2014/09/Formation-regulation-and-evolution-of-Caenorhabditis-elegans-3UTRs.jpg

原文出处:

Jan CH, Friedman RC, Ruby JG, Bartel DP (2014) Formation, regulation and evolution of Caenorhabditis elegans 3’UTRs. Nature 469:97-101.

菊子曰 微博太长了?菊子曰有办法!
Category: CNS-Reading2014年9月2日
标签: PAS-seq
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武汉生命之美科技有限公司成立于2010年7月,是一家专注于将高通量测序技术(NGS)转化为科学发现和产业应用的生物高科技企业。生命之美使用新一代测序技术和RNA-蛋白质互作的科学技术优势,短短数年时间,就成长为一个拥有强大实验室和科研实力的合作平台。生命之美不但已经与各高校、研究所的实验室一起合作science,也启动了与普通大众一起science的模式,希望以健康产品服务每一名个体。生命之美为爱和梦想而来,它期待着与中国、一带一路各国乃至全球的伙伴们一起做一个前所未有的科学梦:用科学祝福全球!

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