RAP

RNA反义纯化技术（RNA Antisense Purification，RAP）运用于研究RNA与DNA、RNA及蛋白质之间相互作用的技术。根据研究对象不同，RAP技术结合了高通量测序（RAP-Seq）和质谱技术（RAP-MS）分别研究与目标RNA互作的基因和蛋白质(Engreitz, Pandya-Jones et al. 2013)。

lncRNAs成为一类新的细胞调节因子，在基因调控，染色质结构以及细胞发育过程中发挥着重要作用，但是大多数lncRNAs的作用机制仍不清楚。

为解决这个问题我们需要知道这些RNA分子用于实现其功能的相互作用蛋白质，再加上缺乏可以成功分离发生在体内的RNA-protein直接相互作用的可用方法等挑战，所以RNA反义纯化（RNA Antisense Purification）与质谱（Mass Spectrometry）联用（RAP-MS）方法被开发出来，用于鉴定与靶RNA分子直接且特异性相互作用的蛋白质(Engreitz, Pandya-Jones et al. 2013)。

RAP已经能够在体内全面映射RNA-DNA相互作用(Engreitz, Pandya-Jones et al. 2013)，受X-inactive-specific transcript（Xist）等经典实例的启发，一个流行的假设是许多lncRNA通过与染色质调节蛋白相互作用并将其募集到特定的DNA靶位点来调节基因表达。研究还表明，lncRNAs可以与不同的染色质调节因子相互作用，可以定位到基因组中的特定位点，甚至可以建立含有共同调控的DNA位点的核子结构域。这些科学结果展现了通过映射RNA-Chromatin的相互作用来鉴定lncRNA复合物的直接靶标的需要(Engreitz, Lander et al. 2015)。

而且，RAP-RNA通过体内交联鉴定内源RNA-RNA复合物，用反义寡核苷酸探针捕获RNA，以及高通量RNA测序，该方法可系统了解与我们感兴趣的RNA相互作用的RNA，并且还可以区分直接和间接的RNA-RNA相互作用，通过使用对蛋白质和核酸有不同特异性的交联试剂来实现(Engreitz, Sirokman et al. 2014)。

参考文献：

Chu, C., K. Qu, F. Zhong, S. Artandi and H. Chang (2011). “Genomic maps of long noncoding RNA occupancy reveal principles of RNA-chromatin interactions.” Mol. Cell 44(4): 667-678.

Chu, C., R. C. Spitale and H. Y. Chang (2015). “Technologies to probe functions and mechanisms of long noncoding RNAs.” Nature structural & molecular biology 22(1): 29-35.

Quinn, J., I. Ilik, K. Qu, P. Georgiev, C. Chu, A. Akhtar and H. Chang (2014). “Revealing long noncoding RNA architecture and functions using domain-specific chromatin isolation by RNA purification.” Nat. Biotechnol. 32(9): 933-940.