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加帽端测序(CAGE-seq)

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技术简介

简介

基因的表达调控最主要的方式是转录调控,即启动子顺式作用元件与转录机器互作的调控。位于转录起始位点(TSS)上游的核心启动子则包含了与转录机器互作的最主要的作用元件,因此启动子的准确鉴定对研究基因表达调控至关重要。同时,不同的转录起始位点,会导致基因使用不同的5’UTR。5’UTR对mRNA的翻译起始至关重要,是翻译效率调控的最主要靶标区域之一。绝大多数基因都有2个以上的转录起始位点,因此系统鉴定mRNA的转录起始位点,一方面可以鉴定核心启动子元件,另一方面可以确定mRNA的5’UTR,是研究基因表达的有力方式。
CAGE-seq (Cap Analysis of Gene Expression AND deep Sequencing)是结合mRNA加帽位点鉴定和高通量测序的手段,可以高通量的鉴定整个细胞内mRNA的转录起始位点,从而获得准确的启动子信息和5’UTR信息。

服务内容

1.CAGE-seq建库流程

2.CAGE-seq分析流程

3.CAGE-seq分析结果展示

fig1.Reads在转录起始位点的分布图

文章导读

NAD captureSeq indicates NAD as a bacterial cap for a subset of regulatory RNAs 原核生物RNA的NAD帽子结构

NAD captureSeq indicates NAD as a bacterial cap for a subset of regulatory RNAs 原核生物RNA的NAD帽子结构

2015年11月16日

海德堡大学的Andres Jaschke研究团队于今年在Nature上报道了第一个原核生物中的 RNA 5’端帽子结构。真核生物mRNA中的5’端帽子结构不存在于原核生物中,长期以来人们认为原核mRNA中不存在5’端帽子结构。Andres Jaschke研究团队利用化学-酶捕获和NGS手段(NAD CaptureSeq)发现了细菌RNA中的5’-NAD帽子结构,并证实这种帽子结构同样具有保护RNA分子的功能。

N6-methyladenosine marks primary microRNAs for processing miRNA甲基化的新功能

N6-methyladenosine marks primary microRNAs for processing miRNA甲基化的新功能

2015年11月13日

据今年三月的Nature杂志报道,洛克菲勒大学的Sohail F. Tavazoie团队发现m6A(N6-methyladenosine)是促进microRNA生成的关键性转录后修饰。初级microRNA(pri-miRNA)需要经过一系列的加工才能形成成熟的miRNA,这其中的第一步是由DGCR8识别pri-miRNA茎环结构,再招募DROSHA切割双链RNA,生成前体miRNA(pre-miRNA)。在此之前,DGCR8如何在众多转录本二级结构中识别并结合pri-miRNA的结构并不清楚。

A promoter-level mammalian expression atlas.

A promoter-level mammalian expression atlas.

2014年9月4日

哺乳动物个体包含至少400种细胞类型,这些细胞类型都具有一个相同的基因组,却具有独特的基因表达特征,从而具有不同的形态乃至生物学功能。不同细胞类型的特性是由转录调控决定的。目前为止我们还缺乏对生物体转录调控的全面的了解,直到最近 FANTOM 等几个团队联合发表了题为“A promoter-level mammalian expression atlas”的文章,通过CAGE-seq的方法对人和小鼠的转录起始位点(TSS)和启动子使用、转录因子调控进行了全面的描述。

 菊子曰:在烦恼为博客搬家么?
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关于生命之美

武汉生命之美科技有限公司成立于2010年7月,是一家专注于将高通量测序技术(NGS)转化为科学发现和产业应用的生物高科技企业。生命之美使用新一代测序技术和RNA-蛋白质互作的科学技术优势,短短数年时间,就成长为一个拥有强大实验室和科研实力的合作平台。生命之美不但已经与各高校、研究所的实验室一起合作science,也启动了与普通大众一起science的模式,希望以健康产品服务每一名个体。生命之美为爱和梦想而来,它期待着与中国、一带一路各国乃至全球的伙伴们一起做一个前所未有的科学梦:用科学祝福全球!

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公司动态
  • 热烈祝贺生命之美CEO张翼博士荣获省级荣誉
    2020年10月26日
  • 生命之美与华农赵凌课题组合作文章发表于Genome Biology
    2020年9月17日
  • 生命之美与上交大团队合作文章发表于PLoS Pathogens
    2020年9月17日
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